20世纪末21世纪初，我国高教事业蓬勃发展,普通高等教育正由精英教育迈向大众化教育，我省此时更是吹响了“建设经济强省、文化大省、教育大省、中医药强省”号角。历史机遇面前，学校新一届领导班子解放思想、更新观念、锐意进取，抢抓机遇，致力于寻找突破学校办学空间狭小“瓶颈”的机遇。中山市拥有我省唯一的国家级健康科研产业基地，发展迅猛，催生了对医药科研成果转化、医药人才培养的需求。为扩大我校办学空间，同时以我校雄厚的教学、科研资源为依托，提升中山市人文素质和医药产业竞争力，促进区域经济跨越式发展，优势互补，2003年3月31日，学校校长朱家勇与中山市委书记陈根楷(时任市长)签约创办“广东药学院中山校区”。
中山校区是学院做大做强、实现办学可持续发展的重要组成部分。校区占地2000亩。校区座落在中山市风景如画的五桂山风景区。五桂山被视为中山市的南肺，山脉横亘数十里，南临珠海、北接中山城区，山绿水明，云白风清。校区三面环山，周围山脉层峦叠嶂，自然环境得天独厚。校区与中山市府相距7公里，校门与省道城桂路相连，交通便利。
校区的建设经费由学校筹集，5年多来投入近5个亿，完成建筑面积近21万平方米。
校区在专业设置上，以药学、中药学、食品、医药化工、医药贸易、医药信息工程等专业为主，校区现有药学、中药学、中药资源与开发、中草药栽培与鉴定、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、食品科学与工程、食品质量与安全、公共事业管理、市场营销、人力资源管理、化学工程与工艺等26个专业及其专业方向。学校新设二级学院食品科学学院、医药化工学院整体落户中山校区。校区加强英语教学，培养外向型应用型创新人才，立足中山，为中山健康产业发展多输送优秀人才，服务全省，覆盖全国，面向港澳台和东南亚，逐步走向国际办学道路。
校区现有本专科在校生9800多人，分属药科学院、中药学院、医药商学院、信息工程学院、食品科学学院、医药化工学院6个二级学院。几年来，校区共计为社会输送毕业生4300多人，就业率在98%以上。由于学校、中山校区的办学质量过硬、学生就业率高、社会声誉好，校区的生源充足，本科招收的基本是第一志愿报考中山校区的考生，专科专业更是高于省3A线数十分招收第一志愿考生。校区每年划拨50-100名专科生名额定向招收中山生源考生。学校继续教育学院中山校区办学点近年面向中山生源招生1000多人，为中山医疗卫生系统、医药产业企业从业人员总体素质的提高作出了贡献。
校区实行由学校统一领导，延伸管理与属地管理相结合，部门职能延伸，条块结合的管理模式。教学管理方面，由学校实行“五个统一”管理：统一人才培养方案，统一教材，统一安排授课教师，统一学科专业规划，统一管理。师资、图书等资源实行四校区资源共享。校区在办学思路、办学理念、办学体制、办学模式和管理机制上不断创新，科学配置办学资源，注重内涵发展。学校、中山校区近年在异地办学管理等方面作过许多有益的尝试，推动了中山校区异地办学管理的高效开展，取得了很好的办学效益。